Per la sua posizione geografica, il clima e la diversificazione degli habitat il Monte Arci, anche grazie anche alla sua contiguità con le aree umide di Santa Giusta, Pauli Majori di Palmas Arborea, il grande invaso artificiale sul Rio Mogoro, ed i diversi Paulis che costellano gli Altopiani basaltici, ha una grande rilevanza a livello europeo per la sosta e/o la riproduzione delle specie ornitiche migratrici tutelate dalla DIR CE 409/79 e dalla Convenzione di Berna (All. 2 e 3).
Per quanto riguarda l’aspetto climatico, l’andamento delle precipitazioni del Monte Arci rientra a pieno titolo in quello tipico mediterraneo, con due massimi in autunno-inverno ed in primavera. Un forte deficit idrico si registra invece nei mesi estivi.
La temperatura media annua dell’area si attesta sui 16,7 °C. in quanto il bacino idrografico rappresentato dalla Diga di Mogoro, la presenza degli stagni e la vicinanza del mare, svolgono un'importante azione termoregolatrice.
La vegetazione varia a seconda dell'altitudine e dell'esposizione ed è stata fortemente condizionata dalle passate attività silvo-pastorali, dagli interventi di rimboschimento più recenti e dal periodico passaggio del fuoco; essa è costituita da prati, pascoli, macchia mediterranea (in diversi stadi evolutivi), macchia-foresta, boschi cedui e d’alto fusto.
Il Monte Arci è caratterizzato dalla presenza della serie del leccio con la fillirea angustifolia.
Nelle aree di Serra ‘e Ortigu, Monimenta, Corongiu Onnari e a Su Laccu ‘e S’Acqua, invece sono presenti formazioni miste a netta prevalenza di sughera.
